Pendirian dan Tahun-Tahun Awal (1989-2003)

Klub berdiri tahun 1989 dengan nama Putra Samarinda Football Club. Putra Samarinda berlaga di Galatama dan kemudian menjadi Liga Indonesia sejak kompetisi resmi itu bergulir musim 1994/1995.[5]

Merger dengan Persisam (2003-2014)

Putra Samarinda mengalami kesulitan finansial sejak mengikuti Liga Galatama dan Perserikatan digabung menjadi satu kompetisi. Pada tahun 2003, Putra Samarinda dan Persisam, Klub perserikatan yang didanai APBD Samarinda dimerger menjadi Persisam Putra Samarinda[6] dan menggunakan lisensi Putra Samarinda untuk berlaga di Liga Indonesia. Pada tahun 2008/2009, Persisam Putra Samarinda menjadi juara liga Divisi Utama Liga Indonesia 2008–09 dan dipromosikan ke Liga Super Indonesia.

Bali United (2014-)

Untuk menghindari klub dari pailit dan juga meningkatkan daya jual serta prestasi, Putra Samarinda (Pusam) diambil alih pengusaha asal indonesia, Pieter Tanuri yang kemudian mengubah nama klub menjadi Bali United F.C. dengan berdiri di bawah badan usaha PT Bali Bintang Sejahtera. Dengan demikian, tim yang berjuluk Pesut Mahakam itu pindah dari Stadion Palaran, Samarinda ke Stadion Kapten I Wayan Dipta, Gianyar, Bali. Perubahan nama tim yang merupakan salah satu peserta Liga 1 itu setelah menjalin kerja sama dengan salah satu produsen ban, Corsa Motor Cycle Tire (PT Multistrada). Komisaris Utama Pusam, Harbiansyah Hanafiah menerangkan, pihaknya bersedia mengubah nama dan bermarkas di Bali sekaligus menyerahkan kepemilikan Pusam, karena di Pulau Dewata itu belum ada tim sepak bola profesional yang berlaga di Liga 1. Menurut Harbiansyah, langkah mengubah nama dan bekerjasama dengan PT Multistrada itu untuk menyelamatkan Pusam dari kebangkrutan karena kurangnya dana baik dari sponsor maupun pendapatan tiket.[7].